Секция "Балканска етнология" е реализирала и реализира в момента следните основни проекти:

Проект "Динамика на процесите на връщане и реинтеграция на български емигранти”.
Финансиран от Фонд “Научни изследвания” (ДМУ 03/52 от 12.12.2011). 2012-2013.
Водеща организация: Институт за изследвания на обществата и знанието – БАН.
Ръководител на проекта: Йелис Еролова.
Участници: Магдалена Славкова, Мила Маева, София Захова.
Консултанти: Елена Марушиакова, Веселин Попов (консултанти).

Проект "Българската емиграция във Великобритания".
Финансиран от Фонд “Научни изследвания” (ДО 02-4 / 14.01.2010). 2010-2012.
Индивидуален проект на Мила Маева.

Проект "Движение на хората, смяна на перспективите: българските миграции и икономическата криза".
Финансиран от Фондация ERSTE – Стипендии за обществени изследователи. 2010-2011.
Индивидуален проект на Магдалена Славкова.

Проект "Нови измерения на мобилността на ромите в Централна и Източна Европа. (Случаят с ромските миграции от България до Полша)".
Финансиран от Фондация ERSTE – Стипендии за обществени изследователи. 2010-2011.
Индивидуален проект на Йелис Еролова.

Проект "Образованието на ромски/цигански деца в Европа. Обучителни материали за ромска история и ромска култура".
Финансиран от Главна дирекция “Училищно, извънучилищно и висше образование” на Съвета на Европа.
2010-2011.
Водеща институция: Университет на Грац.
Участници: Елена Марушиакова, Веселин Попов.

Проект "Университетът като партньар в изграждането на капацитета: устойчиво развитие на островите Галапагос, Еквадор".
Финансиран от Съвета за международен обмен на учени & Провинциалното правителство на Галапагос (Еквадор). 2010.
Участници: Елена Марушиакова и Веселин Попов.

Проект "Културно наследство и национална идентичност в условия на пан-европейска трудова мобилност (Българите, работещи в страните от Средиземноморието)".
Финансиран от Фонд "Научни изследвания" (ДО 02/106/8.05.2009). 2009-2011.
Партньори: ВТУ "Св. Св. Кирил и Методий" и Академия на МВР.
Ръководител на първия етап от проекта: Маргарита Карамихова.
Ръководител на втория етап от проекта: Веселин Попов.

Проект "Подготовка на проект ‘Eвропейски идентичности: измерения и динамики’ по Седма Рамкова програма".
Финансиран от Фонд "Научни изследвания" (ДО ДПРЕП7РП02/10 / 04.11.2010). 2010.
Ръководител на проекта: Йелис Еролова.

Проект "Разширяване на уменията и квалификациите на младия учен - предпоставка за професионална реализация в гранични области между науката и практиката".
Финансиран по Оперативна програма "Развитие на човешките ресурси" (BG051PO001/07/3.3-02). 2009 - 2011.
Водещ партньор: Център по наукозание и история на науката при БАН.
Координатор за ИЕФЕМ: Мила Маева.

Проект "Трудови активности на българи в Испания".
Финансиран от Фонд "Научни изследвания" (ДО 02/355 / 30.12.2008). 2009-2011.
Индивидуален проект на Магдалена Славкова

Проект "Дейности за подобряване въздействието на политики, програми и проекти, подпомагащи социалното включване и предотвратяване дискриминацията на ромите в ЕС".
Финансиран по Tender VT/2008/006 на Европейската комисия (VC/2008/0539). 2009-2010.
Изпълняван от Европейски център за правата на ромите (Унгария).
Участници: Елена Марушиакова, Веселин Попов.

Проект "Многообразни идентичности: еволюция на историческото наследство и културните традиции в европейска перспектива".
Финансиран от от Фонд "Научни изследвания" (№7РП08-7). 2009.
Ръководител на проекта: Елена Марушиакова.

Международна конференция "Проекции на социализма – 20 години по-късно".
Финансирана от ASO - София. 2009.
Координатор: Маргарита Карамихова.

Проект "Европейски измерения на културата и историята на Балканите".
Финансиран по Оперативна програма "Развитие на човешките ресурси" (BG051PO001/07/3.3-02). 2008 - 2010.
Партньор по проекта: Институт по балканистика при БАН.
Ръководител на проекта: Маргарита Карамихова.

Проект "Динамика на националната идентичност и на транс-националните идентичности в процеса на европейска интеграция”. Финансиран по акция Жан Моне – Подкрепа за образователни и изследователски центрове 2006, Програма на Европейската комисия (CER 2006-051). 2006 - 2007.
Ръководител на проекта: Елена Марушиакова.